Благодарение на имунната си система човекът разполага с много полезен механизъм за защита от чужди вещества. Организмът цели да се освободи от чужди за него субстанции или да ги обезвреди. Това се случва ежедневно и най-често без да забележим каквото и да било. При алергията е налице свръхреакция на организма спрямо чужда за него, но всъщност безвредна субстанция, като цветния полен, така наречения алерген.

Алергията се развива за дълъг период от време. При първите контакти с алергена, например полените на определени растения, не възникват оплаквания. Организмът реагира още от началото, но без външни признаци.

Първа фаза

1. Алергенът навлиза в организма за пръв път;

2.Имунните клетки разпознават чуждата субстанция и стартират производството на антитела, които навлизат в тъканите;

3. Произведените антитела прилепват към мастоцитите – имунни клетки, разположени под повърхността на лигавицата и епитела;Тази комбинация може да трае повече от година, "чакаща" следващата среща с алергена.

Тази фаза може да трае повече от година, "чакаща" следващата среща с алергена.

Едва при повторни контакти се изявява болестната реакция. Нарича се сенсибилизация. При това организмът образува в излишък белтъци, специално насочени срещу алергена - така наречените антитела. При сенната хрема те спадат към групата на имуноглобулин Е (lg Е).

Втора фаза

1. Алергенът прониква отново през лигавиците и се свързва с антителата върху мастоцитите.

2. Това действа като сигнал за мастоцита – започва активно отделяне на възпалителни медиатори като хистамин, серотонин и др. Тези вещества осъществяват алергичната реакция, тоест те са причината за оплакванията.

Най-известният медиатор при алергията е хистаминът. Всеки знае колко неприятен е контактът с копривата и отровата на насекомите, които също съдържат хистамин. Той предизвиква разширяване и повишена пропускливост на кръвоносните съдове и дразни чувствителните нервни окончания. Хистаминът заедно с други медиатори е главният виновник за симптомите на сенната хрема.